Праздник приурочен к формированию Черноморского флота. Указ об его основании подписала в 1783 году императрица Екатерина II. 13 мая 1783 года 11 кораблей Азовской флотилии вошли в Ахтиарскую (ныне – Севастопольскую) бухту. Спустя пять дней к ним присоединились 11 судов Днепровской флотилии. Эти корабли стали ядром нового флота.

День Черноморского флота ВМФ России установил приказ главнокомандующего ВМФ Российской Федерации от 15 июля 1996 года «О введении годовых праздников и профессиональных дней по специальности».